蔬菜生產未來的發展，使用微生物農藥是一個大方向。微生物農藥是生物農藥中主要的一大類。具有專一性強、毒性低、對天敵生物、對環境友好特點，是生產無公害蔬菜優先選用的農藥品種。用于大棚蔬菜生產的微生物主要包括以下三類：
是細菌類微生物農藥
蘇云金桿菌是目前應用為廣泛的品種，占到全部微生物農藥使用量的絕大部分，可用于防治小菜蛾、菜青蟲、甜菜夜蛾、斜紋夜蛾、茶毛蟲、茶尺蠖、棉鈴蟲、玉米螟、蘋果巢蛾等多種鱗翅目害蟲。
多粘類芽孢桿菌可用于防治番茄、辣椒、茄子青枯病、黃枯萎病、炭疽病、疫病、軟腐病等等。試驗結果表明，多粘類芽孢桿菌具有兩大功能：1.通過灌根可防治植物細菌性和真菌性土傳病害，同時可使植物葉部的細菌和真菌病害明顯減少；2.對植物具有明顯的促生長增產作用。
枯草芽孢桿菌可用于防治黃瓜白粉病、草莓白粉病和灰霉病等，還可用于調節蔬菜生長、起到增產作用。
第二類是真菌類微生物農藥
白僵菌也是應用較多的一類微生物農藥，可用于防治白粉虱、煙粉虱、蠐螬等多種害蟲，非常適合保護地害蟲防治。與其同類型的還有綠僵菌、黑僵菌等。
木霉菌可用于防治黃瓜灰霉病和霜霉病、西瓜立枯病和青枯病等。能消滅耕層病菌及害蟲，并改良土壤，破除板結，提高土壤通透性及根系供氧量，可抑制多種植物真菌病，如根腐病、立枯病、猝倒病、枯萎病等土傳病害。木霉菌劑還有一定的防治根結線蟲的效果。比較的有哈茨木霉菌、綠色木霉菌等等。
第三類是病毒類微生物農藥
目前發現對昆蟲有致病力的病毒有300多種，可使200多種鱗翅目害蟲感染帶毒，常用的病毒有三種：
1、核形多角體病毒。噴在植物上，被昆蟲取食后，經胃液消化，游離出棒狀病毒粒子，通過胃（腸）皮細胞進入體腔，在昆蟲細胞核內復制增殖，感染病毒的昆蟲約10天左右即可死亡。如斜紋夜蛾核型多角體病毒可用于防治十字花科蔬菜等多種作物斜紋夜蛾。
2、質形多角體病毒。噴在植物上，被昆蟲食后，在昆蟲的細胞質內形成圓形病毒粒子，被感染的昆蟲，約10-20天死亡。
3、顆粒病毒。噴在植物上，被昆蟲食后，約4-5天死亡。如小菜蛾顆粒體病毒可用于防治十字花科蔬菜小菜蛾。
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